Keputusan berdirinya SMA PL Santo Yohanes tepatnya tanggal 15 Mei 1982, dengan SK Yayasan Usaba Nomor B/067/Pend-3/5-82 yang ditandatangani Bapak Uskup Ketapang MGR Blasius Pujaraharja,Pr. Dalam kesempatan itu pula ditunjuk Drs. Br. Alfonsus Marzuki FIC sebagai kepala sekolah pertama. Meski secara hukum SMA Santo Yohanes bernaung di bawah YAYASAN USABA tetapi manajemen sepenuhnya dikelola Yayasan Pangudi Luhur. Sesuai dengan perkembangan situasi dan kondisi, pada tahun 2002 telah terjadi perubahan tentang pengelolaan SMA. Kini secara hukum dan manajemen, SMA Santo Yohanes dibawah Yayasan Pangudi Luhur berdasarkan Akta Notaris No. 44 tanggal 28 Agustus 2002. Meski pengelolaan dan badan hukumnya adalah Yayasan Pangudi Luhur, namun visi dan misi tetap dalam rangka pengembangan visi dan misi Keuskupan Ketapang.
Kepala sekolah yang berkarya di SMA PL Santo Yohanes
1. Drs. Br. Alfonsus Marjuki, FIC (1982-1988)
2. Drs. Dr. Herman Yosef Kuat, FIC(1988-1995)
3. Drs. Br. Heribertus Iriyanto Mulyono, FIC (Juni 1995-Des 1995)
4. Drs. Yulianus Gumpol (1995-sekarang)
PROFIL SMA PL SANTO YOHANES
1. Status SMA PL Santo Yohanes disamakan
2. Visi : Penguasaan ilmu pengetahuan dan penghayatan cinta kasih dalam terang iman kristiani.
3. Misi : Mendampingi kaum muda menuju perkembangan intelektualitas, integritas pribadi dan moralitas secara optimal dalam. terang iman sebagai bekal hidup berbangsa, bernegara, dan menggereja
4. Tujuan:
- Mendampingi peserta didik agar berkembang optimal dalam bidang ilmu pengetahuan, integritas, pribadi dan moralitas.
- Mendampingi anak didik sehingga siap, melanjutkan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi maupun hidup di masyarakat
- Membantu peserta didik menyadari eksistensi diri sebagai individu maupun bagian dan kelompok sosial bahwa mereka perlu mempersiapkan diri untuk masa depannya
- Semboyan: Pro Scientia, Et Amor
